「~ではありませんか。」 in narrative is a kind of rhetorical device for a dramatic effect. It's often used in children's stories, folk tales etc. (昔話, 童話 etc.) to present an unexpected event or express a character's surprise.
Your example could be written this way, in a regular, normal narrative...
すると神さまは、
「遅かったね。残念だけど、昨日決まったよ」
と、言いました。
... but writing this as 「...と、言うではありませんか。」 makes this event look more surprising and unexpected. It's often preceded by phrases like 「なんと、~~」 "Surprisingly, ~~", 「すると、どうでしょう。」 "Lo and behold!" etc.
Examples:
- 「川上から大きな桃が、どんぶらこ、どんぶらこと流れて来るではありませんか。」(桃太郎)
- 「おじいさんは不思議に思い、その竹を切ってみたところ、なんと中には小さな小さな女の子が入っているではありませんか。」(かぐや姫)
- 「すると、どうでしょう。あなのなかから、ふしぎなうたがきこえてくるではありませんか。」(おむすびころりん)